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La révolution génomique est arrivée plus vite que prévu dans les élevages |
La SAM de seconde génération va bouleverser la sélection génétique à tous les niveaux. Mais cette révolution est aussi de nature à modifier les rapports entre les éleveurs et les entités qui possèdent les outils de décryptage du génome.
Pour Jean-Bernard Girard, président du syndicat holstein Franche-Comté « La campagne laitière 2008 a mis en évidence l’intérêt d’avoir du potentiel laitier : avec la fin des quotas on va demander de plus en plus aux producteurs d’être capable de s’adapter très vite à la conjoncture.
L’arrivée de la SAM (sélection assistée par marqueurs) va nous être très précieuse pour nous aider sur les cellules, la fertilité, les caractères secondaires. Mais ce sont des outils supplémentaires qui ne remplaceront jamais l’œil de l’éleveur. »
Sylvie Garreau, directrice de l’association prim’holstein France, était justement l’invitée de l’assemblée générale du syndicat, le 4 mars dernier à Tarcenay. Avec pour mission d’apporter des éléments de réponse à la question « avec le remplacement effectif du testage au profit de la sélection assistée par marqueurs, quelles conséquences dès aujourd’hui dans nos élevages ? »
Car la « révolution génomique » est arrivée plus vite que prévu. « Au départ la Sam de seconde génération était annoncée pour 2012… tout le monde a été surpris cet automne par le bond technologique spectaculaire permis par l’arrivée d’une puce capable de lire, pour quelques centaines d’euros et en quelques jours 54 000 lettres du génome.»
Sylvie Garreau a fait appel à une métaphore routière pour préciser les choses : « Imaginez une route de 1 142 km, avec trois lettres par millimètres. Avec la SAM de première génération on avait placé une borne tous les 8 km, maintenant on en a une tous les 30 mètres. Chacune de ces bornes nous donne des informations sur le paysage avoisinant. » L’intérêt est donc de pouvoir suivre beaucoup plus précisément les gènes d’intérêt, brassés à chaque génération par le fameux « aléa de méiose ».
Une population de référence
« Mais la lecture du génome n’a d’intérêt que si l’on est capable d’exprimer les informations lues sous forme d’index par rapport à une population de référence. C'est-à-dire qu’en amont il faut établir des liens entre les zones d’intérêt et les effets associés. Ça revient à établir des équations. Tout le monde a désormais accès à la technologie et la valeur ajoutée au niveau de chaque pays se fait sur le calcul de résultats prédictifs.» Aussi la disponibilité de la SAM2 ne signe pas la fin du contrôle de performance, bien au contraire.
La spécialiste n’a pas manqué de rappeler également quelques notions sur les index. « Il ne faut pas perdre de vue que les index, calculés à partir des données du testage ou de la lecture du génome, restent des estimations de la valeur génétique d’un individu. Par exemple un taureau à + 600 kg de lait avec un CD de 0,95 a 90% de chance de valoir… entre +400 et + 800 kg ! Un autre à +750 kg, mais avec un CD de 0,7 sera entre +300 et +1 250, et un troisième à +900 mais avec un CD de 0,5 sera entre +250 et +1600. »
Reste que l’arrivée de taureaux indexés seulement sur la SAM est théoriquement possible pour la prochaine sortie d’index en juin 2009. La vive concurrence internationale des acteurs de la sélection holstein pousse d’ailleurs dans ce sens. Avec tous les problèmes que pose pour les entreprises de sélection l’arrivée simultanée de plusieurs séries, dont la plus récente sera forcément la meilleure. Mais au-delà de cette difficile transition, c’est aussi la nature profonde de la relation entre éleveurs et acteurs de la génomique qui est en question. «Aujourd’hui, la SAM2 est un outil privé réservé aux entreprises de sélection du consortium, fruit du contrat de recherche qui lie les ES participantes, l’UNCEIA, l’Inra et Labogena. » Il n’y a donc pas la possibilité pour l’instant pour un éleveur d’accéder à cette technologie à titre individuel.
« La position de l’association des éleveurs prim’holstein France, c’est qu’il faut imaginer un accès pour les éleveurs : il en va de la salubrité de la relation commerciale.» Autre menace, le risque pour les éleveurs laitiers de perdre la propriété de la génétique. « Avec la SAM2, le cycle de création génétique a été considérablement raccourci : on se rapproche de celui de la volaille ou du porc, voire du végétal, domaines dans lesquels la génétique n’est plus la propriété collective des agriculteurs, mais où elle est détenue par des groupes industriels. »
