Pour atteindre sa maturité le soja doit cumuler en sec 1400 °C jour (variété 000) à 1440 °c jour (variété 00) auquel il faut rajouter une semaine pour obtenir la date de récolte. En 2017 la carte ci-dessous nous montre que pour des levées du 15 mai on peut espérer récolter sur septembre dans la plupart des secteurs.
Les levées plus tardives devront certainement patienter sur début octobre. Après la mi-octobre, avec la réduction de la durée du jour, l'humidité et la pluviométrie, il est difficile de descendre en dessous de 18-20 % d'humidité. La qualité des graines risque d'être rapidement altérée par le développement de moisissures (graines colorées en noir à la surface du grain). Si la récolte s'annonce tardive, il est donc conseillé de récolter, même si l'humidité atteint 20 à 25 %. Dans ce cas, livrer la récolte le plus rapidement possible car les graines ne se conservent pas à plus de 14 % d'humidité. A noter qu'il n'y a plus aucun produit autorisé pour défaner chimiquement le soja.

Quand récolter ?

Récolter quand les graines sont à 14-16% d'humidité. Les grains doivent être libres et sonner dans les gousses. Ils sont peu rayables à l'ongle. Les feuilles sont pratiquement toutes tombées. Le soja mûr a des grains ronds. Si les grains sont allongés, le soja est à plus de 20 % d'humidité. En-dessous de 12 % d'humidité, le battage peut provoquer beaucoup de graines cassées.
Après le stade optimum, des alternances de périodes sèches et humides peuvent être provoquées des pertes par égrenage et pourriture.

Récolter toutes les gousses

Plusieurs quintaux de graines peuvent être laissés dans les gousses non récoltés particulièrement si le sol est mal nivelé et si la conduite de la récolte est insuffisamment soignée. Régler au mieux la hauteur de la coupe et modérer la vitesse d'avancement de la moissonneuse-batteuse pour optimiser la performance du chantier de récolte.

Adapter les réglages de la moissonneuse-batteuse aux conditions de récolte du soja : régime batteur, ouverture du contre-batteur, grilles de nettoyage, ventilation...

Les barres de coupes dites" flexibles" permettent de récolter au plus près du sol toutes gousses sur toute la largeur de coupe : elles sont particulièrement adaptées aux parcelles peu nivelées, en pente et aux sojas dont les premières gousses sont très basses. Toutefois en conditions normales de culture (sol bien nivelé, variétés à hauteur 1^ière gousse haute),  cet équipement n’apporte pas forcement des gains de rendement mais permet d’augmenter la vitesse de débit de chantier.

Si le soja est très versé, la batteuse devrait toujours travailler face aux plantes versées.