Un animal juste acheté a beau être apparemment en parfaite santé, il peut être en période d'incubation d'une maladie ou bien être porteur sain. Il a pu se contaminer dans son cheptel d'origine ou bien lors de son transport. De plus, le changement d'environnement est une source de stress qui est succeptible de fragiliser l'animal, le rendant ainsi plus sensible aux infections ou bien favorisant l'excrétion de microbes alors que l'animal n'a pas l'air malade. La quarantaine est une précaution sanitaire qui s'ajoute aux autres mesures : billet de garantie conventionnelle, contrôles obligatoires... L'objectif est de laisser le temps à l'animal juste acheté soit d'exprimer la maladie, soit de s'immuniser. Ainsi, lorsqu'il sera mis en contact avec le troupeau, il ne sera plus contagieux. Toutefois, la quarantaine ne prévient pas contre toutes les maladies infectieuses. Certaines maladies à période d'incubation plus longues peuvent passer à travers les mailles de ce filet.

Un isolement physique de 30 jours minimum

Un bâtiment ou une parcelle isolée peuvent être utilisé pendant la quarantaine, l'objectif étant d'éviter les contacts avec le troupeau de l'exploitation, qu'ils soient directs ou indirects.
Le nom de quarantaine remonte au XIVième siècle. Il s'appliquait alors à l'espèce humaine pour les bateaux lors de la peste. Si 40 jours étaient nécessaires avant que les hommes ne quittent le navire, c'est parce qu'il sagissait d'un laps de temps afin qu'ils déclarent éventuellement la maladie et en meurent. En élevage, un mois est suffisant pour laisser le temps aux maladies infectieuses de se développer.